畢士泰女士（Ms. S. H. S. Baxter）自英來港後，發現女仔館的宗旨「更在於招收來自中上階層華人家庭的女性」，故婉拒受聘為主持。女教會另行安排幹事伊頓女士（Mary Anne Winifred Eaton, 1838-1923）接掌女仔館。這位生於窩士打郡（Worcestershire）的女教會幹事於1863年1月7日抵港，稍後成為女仔館首任正式主持，同時兼任女教會在港的代表。
1863年7月14日，般咸道新校舍正式開幕。當時女教會刊物Female Missionary Intelligencer（1864.05）對於該校的課程架構有如此記載︰
學校實行中英雙語教學，課程涵蓋閱讀、寫作、家政、地理、聖經歷史、基督教教義及倫理。學校的教學目標是為華人社會培養未來的賢妻良母。這也是學校教學理念的重心。
這在今天看來是再尋常不過的設計，但當時卻頗為罕有。女仔館敢於實施英語教育，乃是因為他們所期待招收的華籍女童來自本地中上層家庭。相形之下，當時教會名下的其他貧苦女校（包括畢士泰自行創辦者），就只會以中文授課，絕對不使用英語。究其原因之一，是杜絕貧苦女童在略諳英語後得以與西洋男子直接溝通、甚或發生「不道德關係」。而中上層家庭背景的華籍女童理論上不但不會因貧窮的驅動而發生「不道德行為」，在培訓成為女性傳教士或教師後還可透過家族脈絡進一步發揮影響力。
伊頓女士與女仔館的華籍女童
梁呂底亞與師妹們
梁呂底亞晚年與親友合影
這個時期，女仔館內的模範學生當推梁呂底亞（Lydia Leung）。她的父親是官校教師，女仔館一開辦便送她與妹妹來就讀。1862年，梁呂底亞受洗成為基督徒。由於她入學時已十四歲，比一般女童年長，因此擔任班長，積極協助校務，對年幼學妹多有照料。Female Missionary Intelligencer經常有關於她的報導。1864年2月，年屆十八的梁呂底亞與華差會（Church Missionary Society）福州分會的傳教士黃求德成婚，此後終生在福州從事傳教與教育工作。梁呂底亞的生涯規劃，可說最符合女仔館校方對學生的期許。
另一個例子是女仔館畢業生張梅（Mary），於1866年5月與聖保羅男校舊生譚天德（Thomas）舉行婚禮。譚氏當時擔任港務處辦公室助理，這大概是因為他曾在聖保羅就讀，兼習中英兩語。他們的婚禮以基督教儀式舉行，顯示這對新婚夫妻有共同的信仰。如此安排，教會無疑是喜聞樂見的，而女仔館訓練「基督徒妻室」的使命，也成功在張梅身上體現出來。
伊頓主持女仔館，與華籍女童互動良好，但她發現學生投入學習的時間和取得的進步不成比例，英文水平不足以充分理解她講的話，她沒有辦法為她們講授語法課或地理課。因此，伊頓對講授英文的效用開始產生懷疑。
早在1860年創校之際，施主教夫人便對收生僅有17人不甚滿意，而收生人數不達標，也成為一直困擾女仔館的問題。當時正值第二次鴉片戰爭（1856-1860）結束，華人並不希望子女接受西式教育。加上香港開埠未幾，人口流動量大，要從為數不多的常住人口中取錄中上階層的華籍女童，戛戛乎難哉！然而，校方一開始似乎並未警覺到這些問題。像梁呂底亞這類理想學生可遇不可求，因為收生不足，女仔館不得不臨時降低門檻，以致收回貧苦學生，導致品質良莠不齊。有人指出1865年時，「幾乎所有在校學習英文的女生畢業後都成為了外國人的外室」。此言似乎聳人聽聞，但空穴來風，並非無因。如當時便有西人投書報紙道︰「這股訓練華籍女童的風潮是錯誤的。一旦做過了頭，就會使她們不能甚至不願意作華人的妻室。」而歷史學家施其樂（Rev. C. T. Smith, 1918-2008）也指出：
新學校名為女仔館，取錄華籍女童，推行英文教育。但後來人們發現這是個錯誤，因為一部分歐裔男性打算在當地尋找可用英文溝通的伴侶，而這群年輕女孩正是他們理想中的對象。好幾位畢業生開始了不正常的生活。
不僅如此，女仔館在1865年7月19日的會議紀錄還有如此內容：
校董會執行了每月巡查。英語教學不再是強制性的，因為有好幾個女生因為懂得英語而被高價出售（阿弘，港幣五百元）。
不止一個女童在女仔館學習英文後，竟遭家長販賣為婢。這次會議在1865年召開，那麼這些女童入讀女仔館當在伊頓主政時期。換言之，即使在伊頓時期，女仔館錄取的華籍女童已無法限於中上層家庭―環境較優渥的家長，大抵不會輕率販賣自己的骨肉。而校董會為了杜絕這種現象，便不再把英文課設為必修。
此時的女仔館可謂禍不單行。1864年12月4日晚8時許，伊頓女士從教堂乘轎回家。當她來到堅道附近，忽然聽見一聲口哨，一群手持武器的暴徒從山坡上衝出，在制服轎夫後把伊頓拖拽到地上，企圖搶走她的手錶。伊頓掙扎呼救，搏鬥了數分鐘，並順利掙脫、逃回家中。期間竟見不到任何路人，更遑論施以援手。對於襲擊動機，教育史家斯威廷（Anthony Sweeting, 1938-2008）指出︰「暴徒顯然認為，她教女生們學習英文，令她們走向墮落。」換言之，當時華人社會認為女童在女仔館學習英文後便走向深淵，因此對該校的印象日趨負面，這自然導致暴徒有機可乘。不但如此，本地洋人社群也紛紛質疑女仔館的辦學理念，甚至停止贊助。
斯威廷《香港教育》第一卷書影
伊頓經此一劫，精神大受打擊，即時申請休假。此時的女仔館，瀕臨結業邊緣，但伊頓已經無能為力。不僅如此，畢士泰於1865年6月英年早逝，令女教會在港事業再遭挫折。1865年10月底，伊頓致函英國女教會，自稱精神尚未恢復正常狀態，無法主持校務，也難以完成五年合約；故此，她請求在該函發出後半年之內辭職。對於伊頓的要求，女教會表示答允。
1866年，辭職後的伊頓與德籍傳教士歐德理（E. J. Eitel, 1838-1908）成婚。此時的歐德理正在執掌惠州博羅福音會，並負責廣州以外客家村落的宗教事務，伊頓便隨他前往博羅，協助教學工作。1870年代起，歐氏在香港先後擔任中文研究主任、校監乃至港督軒尼詩（Sir John Pope Hennessy）的中文秘書，有「中國通」之稱。1897年歐德理退休，兩夫婦移居澳洲，終老於彼邦。
歐德理像
1870年的般咸道校舍（上方之白牆建築）